Jestem w stanie uzyskać odpowiedź. Można to zrobić w Spring data mongodb za pomocą następującego kodu
Query query = new Query();
query.addCriteria(Criteria.where("qty").elemMatch(Criteria.where("size").is("M").and("num").gt(50).elemMatch(Criteria.where("num").is(100).and("color").is("green"))));