Nie ma do tego specjalnego udogodnienia. Jedną z rzeczy, które możesz zrobić, to uruchomić część tego kodu w powłoce mongo, która może wykonać dokładnie ten sam skrypt java, co serwer. Powłoka nie ma debuggera, ale dzięki interaktywnemu podpowiedzi znacznie łatwiej byłoby wypróbować różne rzeczy, sprawdzić zmienne itp.
Osobiście niekoniecznie polecałbym przenoszenie kodu na serwer. Uwaga, możliwe jest wysłanie kilku operacji zapisu (np. insertów) z rzędu, a następnie po wysłaniu kilku prosić o jedno potwierdzenie. Tak więc ten scenariusz niekoniecznie jest powolny, nawet jeśli występują pewne nietrywialne opóźnienia w sieci.
Alternatywnie możesz uruchomić kod C# na tym samym serwerze, co proces mongod, a tym samym uzyskać wyjątkowo niskie opóźnienia przy realizacji żądań. Jednym ze sposobów, aby to zrobić, byłoby stworzenie serwera WWW, który jest napisany w C# i zawiera sugerowaną powyżej logikę.