Udostępniłeś swoją instancję mangusty, wykonując coś takiego
var mongoose = require('mongoose');
module.exports.mongoose = mongoose;
var user = require('./lib/user');
Teraz w "lib/user.js"
var mongoose = module.parent.mongoose;
var model = mongoose.model('User', new mongoose.Schema({ ... });
module.exports = model;
Robiąc to w ten sposób, możesz wymagać "lib/user.js" w innych aplikacjach