Wiem, że to jest stare, ale napotkałem ten problem i natknąłem się na to pytanie. Udało mi się to rozwiązać.
Mój problem dotyczył Ubuntu 18.04 i próbowałem zainstalować i uruchomić MongoDB 3.4/3.6.
Jednym z problemów był brak katalogu /var/run/mongodb z odpowiednimi uprawnieniami, drugim był ten błąd. Nadal nie jestem w 100% pewien, czy ten błąd był związany z katalogiem, czy nie, ale na pewno miał coś wspólnego z konfiguracją.
Mój plik mongod.conf miał processManagement - fork ustawiony na true. Zmiana tego na false pozwoliła mu zacząć działać.
