Mongoose - find():obiekt w opcjach wyszukiwania nie działa

Wydaje się całkiem prawdopodobne, biorąc pod uwagę użycie wielokropka w wykazie schematu, że istnieje więcej właściwości niż isDeleted w metadata własność. Więc twój obiekt powinien być:

var searchOptions = { "metadata.isDeleted": false } };

Powodem tego jest to, że w przeciwnym razie zapytanie szuka dokumentu z "dokładnie" i "tylko" właściwościami wymienionymi w metadata klawisz:

var searchOptions = { metadata: { isDeleted: false } };

A jeśli tak nie jest, to oczywiście nie ma dopasowania.