Dodanie następujących linii przed wyjściem 0 w pliku /etc/rc.local z uprawnieniami roota zrobiło magię. Zrestartowałem system operacyjny po zapisaniu pliku. Następnie ostrzeżenia zniknęły w powłoce mongo.
Źródło:dokumentacja MongoDB(http ://docs.mongodb.org/manual/reference/transparent-huge-pages/#transparent-huge-pages-thp-settings )
if test -f /sys/kernel/mm/transparent_hugepage/khugepaged/defrag; then
echo 0 > /sys/kernel/mm/transparent_hugepage/khugepaged/defrag
fi
if test -f /sys/kernel/mm/transparent_hugepage/defrag; then
echo never > /sys/kernel/mm/transparent_hugepage/defrag
fi
if test -f /sys/kernel/mm/transparent_hugepage/enabled; then
echo never > /sys/kernel/mm/transparent_hugepage/enabled
fi