to, czego naprawdę potrzebujesz, to zarchiwizowanie starych danych. Proponuję zajrzeć do tego wątku na liście dyskusyjnej mongodb:
https://groups.google.com/forum/#!topic/mongodb-user/rsjQyF9Y2J4
Ostatni post od Michaela Dirolfa (10gen) mówi:
więc myślę, że możesz pozostać przy jednej kolekcji, a dobre indeksy zrobią robotę.
W każdym razie, jeśli kolekcja stanie się zbyt duża, zawsze możesz uruchomić ręczny proces archiwizacji.