Wypróbuj:
db.XXX.find({ "_id.module" : "B" });
Różnica polega na tym, że oryginalne zapytanie próbowałoby dopasować w całym poddokumencie (tj. gdzie _id to poddokument zawierający pole „moduł” o wartości „B” i niczym więcej)
Odnośnik:Notacja punktowa MongoDB
