Obecnie (MongoDB 3.2) agregacja nie obsługuje executionStats, z opcją wyjaśnij w agregacji otrzymujesz pewne dane związane z zapytaniem, ale nie ma w nich executeStats. Jest proponowany i możesz sprawdzić jego status tutaj
https://jira.mongodb.org/browse/SERVER-19758
Zagłosuj na ten problem, jeśli chcesz to wkrótce wdrożyć.
