Mongoose findOne osadzony dokument przez _id

Dokumenty podrzędne mają metodę .id(), więc możesz to zrobić:

myModel.findById(myDocumentId, function (err, myDocument) {
  var subDocument = myDocument.mySubdocuments.id(mySubDocumentId);
});

Zobacz http://mongoosejs.com/docs/subdocs.html na przykład.