Miałem dokładnie ten sam problem. Otwierałem plik CSV w programie Excel, aby go rozmasować i ponownie zapisać. Podczas próby zaimportowania go do Mongo za pomocą polecenia „mongoimport” otrzymywałem ten sam komunikat o błędzie, że mam identyczne wartości. Wielokrotnie sprawdzałem nagłówki kolumn, aby upewnić się, że nie ma identycznych wartości.
W końcu próbowałem ponownie zapisać plik z programu Excel za pomocą opcji „Windows oddzielone przecinkami (.csv)” z menu rozwijanego Format zamiast domyślnych „Wartości oddzielonych przecinkami (.csv)” znajdujących się w sekcji „Wspólny format”.
Działało idealnie.