W MongoDB jak mogę ograniczyć zapytanie, gdy mój callback znajduje się w find?

Masz prawie rację. Wypróbuj ten:

db.privateMessages.find( { $or : [ {fromId: userId, toId: socket.userId} , 
                                   {fromId: socket.userId, toId: userId} ] },
                         {}, 
                         { limit : 2 }, 
                         function(err, messages) { pushSvdMsgs(messages); });

Składnia to find(query, fields, options) . Potrzebujemy tego pustego obiektu, aby sterownik poprawnie zinterpretował opcje.