znalazłem odpowiedź
1. najpierw muszę zdobyć wszystkie _ids
db.items.aggregate( [
{ '$match': { 'owner.id': '9e748c81-0f71-4eda-a710-576314ef3fa' } },
{ '$group': { _id: '$item.id', dbid: { $max: "$_id" } } }
]);
2. następnie muszę zapytać o dokumenty
db.items.find({ _id: { '$in': "IDs returned from aggregate" } });
który będzie wyglądał tak:
db.items.find({ _id: { '$in': [ '1', '2', '3' ] } });