Nie ma nie problemy, widać, że indeks tam jest. Spodziewasz się, że nie pozwoli na duplikowanie elementów? W tym celu należy ustawić unikalną flagę na true:
db.users.ensureIndex({ name : 1},{unique: true});
AKTUALIZACJA:ponowne uruchomienie zapewnienia z {unique: true}
nie działa, musisz upuścić i ensureIndex
ponownie:
db.users.dropIndex({name:1})
db.users.ensureIndex({ name : 1}, {unique:true, dropDups : true});