Gdy wykonujesz początkową synchronizację od podstaw na dodatkowym, zapisuje wszystkie świeże dane. Usuwa to dopełnienie, pustą przestrzeń (usunięte dane) itp. W rezultacie pod tym względem jest to podobne do przeprowadzania naprawy.
Jeśli wykonałeś naprawę na podstawowym (operacja blokująca, tylko jeśli jest to absolutnie konieczne), wtedy obie będą ogólnie znacznie bliższe.
Jeśli sprawdzisz dane wyjściowe z db.stats() powinieneś zobaczyć, że różne bazy danych mają tę samą liczbę obiektów, różnice w wielkości katalogów danych nie powinny się martwić.
