Ponieważ to zapytanie znajduje dokument w powłoce:
db.getCollection('stories').find({_id:'572f16439c0d3ffe0bc084a4'})
Oznacza to, że typ _id w dokumencie jest w rzeczywistości ciągiem, a nie ObjectId jak oczekuje Mongoose.
Aby znaleźć ten dokument za pomocą Mongoose, musisz zdefiniować _id w schemacie Story jako:
_id: { type: String }