Z powodu twojego pokroju:
db.companies.find({exchange: 'OTC'})
Jest to sortowanie naturalne, a ponieważ twoja aktualizacja najprawdopodobniej nie jest dostępna dla tych 1100, powoduje to, że niektóre dokumenty przenoszą się na koniec wewnętrznych list połączonych MongoDB, co jest domyślnym porządkiem sortowania; w związku z tym otrzymujesz zduplikowane dokumenty.
Posortuj zapytanie za pomocą czegoś takiego jak _id lub cokolwiek, po prostu coś.