Jak wspomniano w komentarzach @JuanCarlosFarah i @RobertMunn , GridFS wydaje się być najlepszym (a może jedynym?) sposób wstawiania plików do bazy danych bez pisania małej aplikacji.
mongofiles -d myMongoDB -l myFileName.ogg --type audio/ogg put "The Name of my File in the Collection"
Zobacz mongofiles aby uzyskać więcej informacji.