To pytanie może być stare, ale miałem ten sam problem i znalazłem inne rozwiązanie, które może działać dla innych.
Dołączanie ?authSource=admin do końca twojego MONGO_URI zmienna będzie uwierzytelniać twoje dane uwierzytelniające w bazie danych administratora, a nie w tej, z którą się łączysz.
Przykład:app.config["MONGO_URI"] = "mongodb://username:[email protected]:port/db_name?authSource=admin"
