Trochę późno na imprezę, ale według ten artykuł Mongoose działa gorzej w porównaniu z natywnym klientem MongoDB Node.js. Mniej więcej Mongoose jest wolniejszy (operacje/s) dla każdej zebranej metryki (zapytania i wstawienia).
Kod źródłowy z testami porównawczymi można znaleźć tutaj