Uważam, że problem może leżeć w fakcie, że przekazujesz obiekt Pythona do app.config.from_object kiedy oczekuje ciągu. Z dokumentów:
app = Flask(__name__)
app.config.from_object('yourapplication.default_settings')
app.config.from_envvar('YOURAPPLICATION_SETTINGS')
http://flask.pocoo.org/docs/0.10/ config/#konfigurowanie-z-plików
Więc w twoim przypadku możesz zrobić coś takiego:
app.config.from_object('your_app.config.{}'.format(config_name))
gdzie config_name pasuje do obiektu w twoim config.py.
