Okazuje się, że umieszczenie pobranej bazy danych mongodb w synchronizowanym folderze między maszyną hosta a maszyną wirtualną spowodowało pewnego rodzaju problem z uprawnieniami lub problem z konfiguracją.
Kiedy wyjmiesz go z zsynchronizowanego folderu – który najprawdopodobniej ma plik Vagrantfile – i umieścisz go w folderze, który nie jest zsynchronizowany / udostępniony, wydaje się, że działa dobrze. Pomyślałem, że oszczędzę komuś te 5 godzin, które zmarnowałem :-)