Wykonanie zapytania nie powiodło się podczas uruchamiania polecenia Mongo przez skrypt bash

To nie javascript. Nie możesz wywołać zewnętrznego pliku wykonywalnego z javascript.

Po prostu uruchom mongorestore bezpośrednio:

mongorestore --host=localhost --port=27017 --gzip --archive=C:\backup --nsInclude 'n2aenv.*' --nsFrom 'n2aenv.*' --nsTo 'newDB.*'