Aby zaktualizować dokument, MongoDB musi pobrać cały dokument z dysku (chyba że jest już w pamięci podręcznej), następnie zmutować go w pamięci i zapisać z powrotem na dysku. Modyfikacje są również zapisywane w oplogu w celu replikacji do węzłów drugorzędnych.
Wraz ze wzrostem rozmiaru dokumentu potrwa to dłużej dla każdego dokumentu, a ponieważ każdy dokument zajmuje coraz więcej miejsca w pamięci, zmiany pamięci podręcznej również będą zmniejszać wydajność w przypadku niepowiązanych zapytań.
Maksymalny rozmiar dokumentu w MongoDB to 16 MB. Jeśli ten dokument ma już 4 MB po 10 minutach, wkrótce będzie musiał zostać podzielony lub odcięty.