Przy przekazywaniu pustych tablic do Mongo są one interpretowane jako puste dokumenty, {}. Koder Zend Json zinterpretuje je jako puste tablice []. Rozumiem, że nie można stwierdzić, która z nich jest poprawna. W przypadku pustych tablic spróbuj opublikować jako
Tablica[null];zamiast Array[];
To będzie działać dobrze
