To, co tutaj mierzysz, to czas potrzebny do uruchomienia węzła, załadowania modułu mongo i dopiero wtedy połączenia. Przekonasz się, że większość z nich nie polega na łączeniu się z samą bazą danych, ale raczej na parsowaniu, ładowaniu i wykonywaniu całego skryptu.
Spróbuj uruchomić pomiar czasu z wnętrza skryptu po mongodb moduł został załadowany.
