Obecnie próbujesz zaktualizować na podstawie ciągu, a nie ObjectId.
Upewnij się, że podczas tworzenia zapytania zainicjowałeś nowy ObjectId z ciągu:
mongoDB.getCollection("restaurants").updateOne(
new BasicDBObject("_id", new ObjectId("56110fe1f882142d842b2a63")),
new BasicDBObject("$set", new BasicDBObject("zipcode", "10462"))
);