Jak zwiększyć pole w mongodb?

Jak wskazuje błąd, na kliencie możesz wykonać aktualizację tylko za pomocą prostego _id selektor. Zalecam użycie metody z niewielką modyfikacją kodu:

Meteor.methods({
  incClicks: function(id, news) {
    check(id, String);
    check(news, Match.ObjectIncluding({link: String}));

    News.update(
      {_id: id, 'items.link': news.link},
      {$inc: {'items.$.clicks': 1}}
    );
  }
});

Tutaj używamy $ operatora, aby zaktualizować konkretny osadzony dokument. Więcej informacji znajdziesz w dokumentacji.