Przełączaj się między JPA i Mongo w aplikacji Spring Boot MVC

Masz rację, chcesz korzystać z profili.

@Bean( name = "customerRepository" )
@Profile( "jpa")
CrudRepository getCustomerRepository()
{
    return _customerRepository;
}

@Bean( name = "customerRepository" )
@Profile( "mongo")
MongoRepository getCustomerRepositoryMongo()
{
    return _customerRepositoryMongo;
}

@Autowired
@Qualifier("customerRepository")
CrudRepository _crudRepository;

W application.properties możesz teraz ustawić spring.profiles.active na jpa lub mongo, aby przełączać się między bazami danych.