Zbuduj swoją update obiekt programowo, aby nie zawierał 'contact.phone' jeśli nie podano:
var update = {
name : venue.name
};
if (venue.contact.formattedPhone) {
update['contact.phone'] = venue.contact.formattedPhone;
}
Venue.update({_id : venue.id}, update, {upsert: true, safe:false}).exec();