Jeśli uruchomisz mongod jako użytkownik xxx wtedy wszystkie katalogi i pliki, których potrzebuje, muszą być własnością użytkownika xxx - w twoim przypadku widzę kilka plików należących do root więc mongod nie może manipulować tymi plikami.
Napraw uprawnienia i upewnij się, że nigdy nie uruchamiasz mongod jako root ponownie. Również, gdy otrzymasz błąd od mongod zajrzenie do pliku dziennika powie dokładnie, co spowodowało błąd. (We wszystkich przypadkach z wyjątkiem sytuacji, gdy plik nie jest zapisywalny przez użytkownika mongod działa jako).
