Myślę, że mówisz o sterowniku, a nie o samym PHP. PHP nie ma wbudowanej obsługi dostępu do \Mongo* klas, dopóki nie skompilujesz i nie załadujesz specjalnego rozszerzenia.
Ponieważ mówisz o najnowszej wersji MongoDB, myślę, że nie możesz użyć niektórych części jej funkcjonalności, ponieważ masz jakiś stary sterownik (powiedzmy 1.2.12). Po uaktualnieniu PHP prawdopodobnie zaktualizowałeś również sterownik do najnowszej stabilnej wersji (1.3.0). Ta wersja sterownika została przesłana kilka dni temu i obsługuje wszystkie najnowsze funkcje oferowane przez MongoDB.
W każdym razie, jeśli chcesz sprawdzić, którą wersję sterownika posiadasz, możesz zadzwonić do phpinfo(8) z twojego PHP i przejrzyj dane wyjściowe dla mongo sekcja, w której wyświetlana jest wersja sterownika.
