Możesz to zrobić za pomocą prostej aktualizacji. Jeśli chcesz zaktualizować wszystkie dokumenty, określ pusty warunek {} i multi:true jak poniżej
db.usertest.update( {}, {$set: {"packs.super-rare": 0}}, false, true)
Pusty {} — aby dopasować wszystkie dokumenty fałsz — upserttrue — wiele (zaktualizuj wiele dokumentów)