Pobieranie pojedynczego obiektu z mongodb w C#

Tak, jest.

Przede wszystkim nie używaj FindAsync , użyj Find zamiast. Na IFindFluent wynik użyj SingleAsync metody rozszerzenia i czekaj na zwrócone zadanie wewnątrz metody asynchronicznej:

async Task MainAsync()
{
    IMongoCollection<ApplicationUser> userCollection = ...;

    var applicationUser = await userCollection.Find(_ => _.Id == inputId).SingleAsync();
}

Nowy sterownik korzysta wyłącznie z funkcji async-await. Nie blokuj tego za pomocą Task.Result .