błąd pymongo:bson.errors.InvalidBSON:kodek 'utf8' nie może zdekodować bajtu 0xa1 na pozycji 25:nieprawidłowy bajt początkowy

Musisz przekazać MongoClient argument unicode_decode_error_handler i użyć przynajmniej pymongo 3.5.1.

import pymongo
import json
from pymongo import MongoClient

if __name__ == '__main__':

    client = MongoClient(
        host="whatever_your_host_is",
        maxPoolSize=50,
        unicode_decode_error_handler='ignore'
    )


    my_db=client['my_db']
    collection=my_db['my_collection']

    cursor = collection.find({"whatever": "some_stuff"})

    for document in cursor:
          print(document)

Wygląda na to, że „ignoruj” jest domyślnie ustawione w Pythonie 2.7, ale w Pythonie 3.6.1 musisz to zrobić samodzielnie. To zignoruje błędy Unicode i pozwoli kursorowi kontynuować iterację, pymongo postara się zrekonstruować dane JSON.