Jak filtrować dokumenty na podstawie wbudowanej tablicy?

Musisz użyć $elemMatch(projekcja) . Coś takiego jak poniżej powinno działać.

import static com.mongodb.client.model.Projections.elemMatch;

Bson filters = and(eq("userId", userId));
Bson projections = fields(elemMatch(ARRAY_FIELD_NAME, eq("id", id)), excludeId());