Jednym z możliwych rozwiązań jest zastąpienie typu geometrii Point typem geometrii MultiPoint i przekazanie listy współrzędnych wejściowych jako tablicy.
db.polygons.find({
geometry: {
$geoIntersects: {
$geometry: {
type: "MultiPoint", coordinates: [[24.053640, 49.812427],[...]...]
}
}
}
})