Możesz spróbować przechowywać cały dokument jako ciąg tekstowy JSON lub ciąg binarny BSON w GridFS, ale prawdopodobnie nie jest to to, czego chcesz, ponieważ gdy przechowujesz dane w GridFS, MongoDB traktuje je jako bezsensowny blob danych i nie może wykonać na nim wszelkie przydatne zapytania.
Na razie lepiej byłoby po prostu znormalizować dane w dwóch kolekcjach. Gdy spowoduje to dla Ciebie konkretny problem, możesz opisać ten problem w nowym pytaniu. Być może będziemy w stanie zaproponować bardziej praktyczne rozwiązanie.