MongoDB przechowuje dokumenty w formacie BSON i jego specyfikację mówi:
Tak więc dokładność daty jest ograniczona do milisekund. Jeśli naprawdę potrzebujesz przechowywać nanosekundy, nie powinieneś używać typu daty. Musisz użyć długiego i zapisać znacznik czasu, aby nie stracić precyzji.