Wypróbuj ten, zadziałał dla mnie:
db.<your collection>.find({"a_list_of_dbrefs.$id": ObjectID("4e2d48ab580fd602eb000004")})
Możesz także pobrać wszystkie elementy, które mają referencje do kolekcji:
db.<your collection>.find({"a_list_of_dbrefs.$ref": "somecollection"})