Jeśli każdy Twój model jest powiązany z inną bazą danych. Powinieneś użyć czegoś takiego (cfr docs ):
connect('workouts', alias='dbworkouts') # init a connection to database named "workouts" and register it under alias "dbworkouts"
connect('users', alias='dbusers')
class Workout(Document):
meta = {"db_alias": "dbworkouts"}
workoutID = UUIDField()
...
class UserModel(Document):
meta = {"db_alias": "dbusers"}
userID = UUIDField()
...