Nie musisz przechowywać plików pośrednich, możesz przekazać wyjście pliku s3 do stdout i uzyskać dane wejściowe do mongoimport ze standardowego wejścia.
Twoje pełne polecenie wyglądałoby mniej więcej tak:
s3cmd get s3://<yourFilename> - | mongoimport -d <dbName> -c <collectionName>
zwróć uwagę na - co mówi wyślij plik do stdout zamiast nazwy pliku.
