Możesz to zrobić za pomocą operatora pozycyjnego "$[]" :
db.getCollection('workflows').update({_id: ObjectId("5ffef283f1f06ff8524aa2c2") }, {$pull: {"workflows.$[]":{pName:"Test1" } } } )
ale schemat wygląda trochę dziwnie i po aktualizacji będziesz miał puste tablice wewnątrz przepływów pracy, jeśli wszystkie elementy zostaną usunięte z podtablicy. Aby naprawić puste podtablice, musisz wykonać drugą operację, aby je usunąć:
db.getCollection('workflows').update({_id: ObjectId("5ffef283f1f06ff8524aa2c2") }, {$pull: {"workflows":[] } } )