Dlaczego mongodb nie daje mi więcej niż 100 dokumentów?

Prawdopodobnie robisz coś takiego:

db.collection('allowedmacs').find().toArray(function(err, docs) {
  console.log(docs);
});
db.close();

Czyli zamykasz bazę danych przed wywołaniem zwrotnym do toArray został nazwany (chociaż może pracować przy niektórych okazjach).

Zamiast tego wypróbuj to:

db.collection('allowedmacs').find().toArray(function(err, docs) {
  console.log(docs);
  db.close();
});