Jest to wewnętrzny mechanizm phpmyadmina do zarządzania relacjami między tabelami.
Ta funkcja jest faktycznie przydatna dla tabel MYISAM, które nie obsługują kluczy obcych i ograniczeń.
Definiując wewnętrzne relacje w phpmyadminie łączysz ze sobą tabele, które w przeciwnym razie nie można połączyć. Informacje te są przechowywane w specjalnej tabeli phpmyadmin na serwerze MySQL (phpmyadmin.PMA_relation).
Jednak jest to tylko wewnętrzna definicja phpmyadmina i nie ma wpływu na sam mysql (nie są wymuszane żadne ograniczenia klucza obcego ani integralność referencyjna).
Zobacz tutaj aby uzyskać dodatkowe informacje.