Cóż, to nie ma nic wspólnego z Kohaną. Radziłbym nie robić tego przez PHP, ponieważ masz wtedy ograniczenia pamięci i czasu. Jeśli możesz, użyj terminala.
mysql -u [username] -p [password] [database name] < [filename.sql]
Zastępowanie [value]
z ich odpowiednimi wartościami.