Każde dodatkowe oprogramowanie, które dodajesz do systemu, zwiększa złożoność. Złożoność jest wrogiem bezpieczeństwa.
Aplikacje internetowe PHP są znane z niechlujnego kodowania i z pewnością phpMyAdmin miał więcej niż jego luki w zabezpieczeniach w przeszłości. Z pewnością możesz złagodzić szkody, m.in. umieszczenie za HTTPS z certyfikatem klienta, ale to nie zapobiegnie atakom typu cross-site-request-forgery.
W przypadku maszyny produkcyjnej naprawdę wolałbym trzymać się konsoli.
