Zrobiłbym wyjaśnienie, abyś mógł zobaczyć, co robi mysql. Dałoby to dobrą wskazówkę, ile wierszy jest używanych.
EXPLAIN SELECT * FROM likes LEFT OUTER JOIN uploads on likes.upload_id = uploads.upload_id WHERE uploads.upload_id IS NULL
możesz również użyć innej przeglądarki lub innej sesji, aby użyć polecenia show processlist, aby zobaczyć, jak wykonywane jest zapytanie.