Miałem ten sam problem i stworzyłem lekką klasę PHP do formatowania/podświetlania składni.
https://github.com/jdorn/sql-formatter
Nie przetestowałem go w pełni ze złożonymi zapytaniami (pod-wybory, związki itp.), ale wydaje się, że działa całkiem dobrze w typowych przypadkach.
Aby uzyskać w pełni dokładne wyniki, naprawdę potrzebujesz pełnego parsera SQL, takiego jak phpMyAdmin, ale który używa ponad 10 000 wierszy kodu rozłożonych na wiele plików i prawdopodobnie jest przesadą w przypadku prostego debugowania.