Tylko uwaga, jeśli ktoś ma podobne problemy:
Miałem podobny problem --- Wstaw zapytanie działające na PHPMyAdmin, ale nie działa na PHP i nie wyświetla żadnych błędów (wynik był prawda przez cały czas).
Powodem jest to, że rozpoczynałem transakcję, ale zapominałem o jej zatwierdzeniu...
$mysqli->autocommit(FALSE);
$mysqli->query( "START TRANSACTION" );
Nigdy tego nie zapomnij:
$mysqli->commit();
Wiem, że to głupi błąd, ale byłem tak skoncentrowany na tajemnicy zapytań, że zapomniałem instrukcji transakcji kilka linijek powyżej.